从1937年起，康生还先后在陕甘宁边区炮制了几起著名的“特务”案件，进一步强化了人们关于“敌情”严重性的观念。最著名的一是钱维人案。钱维人原是边区公路局长，国共合作开始时，他曾负责与国民党方面联系建筑公路之事。康生多次说他是“内奸”，后下令将其逮捕。二是王遵及案。

王遵及是大汉奸王克敏的侄女，她因不满汉奸家庭，要求抗日，来到延安。康生怀疑她是“日本特务和国民党特务”，下令将其关押起来，进行逼供，曾三天三夜不让其睡觉，要她承认是国民党特务组织复兴社的成员。1939年，康生亲自写信，要求严讯王遵及，使其承认是复兴社特务。三是李凝案。李凝原是东北地下党员，曾被日本人逮捕，后经家人保释出狱。她于1938年到延安，1939年7月突然被边区保安部门逮捕。康生逼其承认“叛变投敌为特务，打入党内充当汉奸”。在一次审判会上，康生蛮横地说道：你长那么漂亮，不当特务，谁当特务！最后在定罪结论上写道：走路像日本女人；有日式女内衫；刺探军事秘密等。这些案件虽然后来都被证明是莫须有的，但当时在延安却引起了很大的轰动。

　　由于有了这些事实做根据，1943年3月16日，毛泽东在中央政治局会议上指出：整风既要整小资产阶级思想，同时也要整反革命。过去我们招军、招生、招党，招了很多人，难于识别。抗战以来，国民党对我党实行特务政策，在社会部和中央党校都发现了许多特务。现在我们要学会识别特务和贤才。在延安，年内要完成审查干部、清洗坏人的工作。此后整风运动进入了审查干部阶段。

　　3月20日，康生在中央政治局会议上汇报说：抗战以来，国民党普遍实行奸细政策，最近从审查干部中才发现这一政策的阴谋。根据康生的汇报，刘少奇当天就向华中局发出《关于警惕国民党特务政策》的电报，指出：最近延安在整风及全面清查干部思想历史的过程中，发现大批国民党特务与日本特务，今天我们向国民党斗争的主要方式是特务斗争。我们要把反特务斗争看成和军事、政治、经济斗争一样的重要。

　　4月3日，中共中央发布《关于继续开展整风运动的决定》，指出从1943年4月3日到1944年4月3日，“整风的主要斗争目标，是纠正干部中的非无产阶级思想（封建阶级思想、资产阶级思想、小资产阶级思想）与肃清党内暗藏的反革命分子”。前一种是无产阶级思想与非无产阶级思想的斗争，后一种是革命与反革命的斗争；整风运动既是纠正干部错误思想的最好方法，也是发现内奸与肃清内奸的最好方法。

　　4月24日，中央书记处决定，高中级干部教育计划暂缓三个月发布，在5、6、7三个月内，专门进行防奸教育。总学委负责这一工作，总学委副主任康生负责日常事务。在审干阶段，尽管毛泽东在开始的时候，由于受康生的影响，对形势的估计也过于严重，但他还是一再要求，各级干部既要提高革命警惕性，对坏人坚决斗争，又要掌握政策，重在教育，要严禁逼供信。但康生为了扩大战果以邀功请赏，对此却充耳不闻。

　　不久，康生就搞出了一个张克勤“敌特”案，并以此为突破口，在全边区范围内大肆反奸捉特，一时间特务如麻，搞得人人自危，人心惶惶。

　　张克勤原名樊大畏，时在社会部所属的西北公学学习。因其父在兰州被敌人逮捕自首，本人对领导提意见偏激，加上一名与他同来延安的在鲁艺学习的人检举他是特务，所以被康生下令看管起来。在关押过程中，年仅19岁的张克勤受到逼供，在经过六天六夜的“车轮战”的肉体折磨和“假枪毙”的威胁以及“坦白了可以保留党籍”的诱逼后，他“招出”了甘肃地下党是打着红旗反红旗的“红旗党”，是国民党“红旗政策”的产物之类的虚假口供。

　　对于这样一个完全靠逼供产生的假案、错案，康生却如获至宝，他让张克勤骑着高头大马，佩上红花，到各机关学校作讲演，介绍他的“特务”经历和反悔过程。康生到处宣扬“红旗政策”是国民党对共产党内奸政策的新策略，从而得出在国民党统治区的党组织不可靠、必须重新估计的错误结论。并随即开展了大规模的追查，把来自甘肃、河南、湖北等地的地下党员和进步青年中他认为可疑的人，捕押起来，审问逼供。据师哲回忆，1943年4月1日晚上，康生召集边区保安机关的负责人开会布置工作，提出要抓捕的名单。当时担任边区保安处一局局长的师哲问康生：要抓的人有没有材料，没有确切材料，怎么审问？康生却答到：有材料还要你们审问干什么？结果这一夜就抓了260多人。